明代建国以后，起初也曾沿用一些旧称，后来对元代的地方区划作了大的调整，省的名称改称为承宣布政使司。首都北京所直辖地区称为京师，又称北直隶。南京所辖地区又称南直隶，前者与今京、津及河北省范围大体相当，后者则相当于今苏、皖、沪的范围，两京以外，则划分为山东、山西、陕西、四川、云南、贵州、广西、广东、福建、浙江、江西、湖广、河南等13个承宣布政使司。不过这个名称太长，习惯上仍合称为两京十三省，其中陕西大体包括今陕、甘、宁三省区，湖广包括今湘、鄂两省，山东隔海领有今东北部分地区，山西包括今内蒙古一些地方。川、云、贵三省间的界线与今也有一些差异，其他一些省的范围可以说与今已大体相同。此外今东北北部属奴儿干都司，西南今青、藏两地属朵甘与乌斯藏两都司。今内蒙古大部分为鞑靼与瓦剌活动范围，对明王朝时而臣服，时而侵扰。今新疆仍为元时察合台后王领地，其后裔不断分裂与混战，势力日衰，公元1370年建别失八里国，后受到瓦剌的侵扰，将统治中心由别失八里(今吉木萨尔)，即唐时金满城，西迁到亦力把里(今伊宁市)。伊宁旧称伊犁，亦力也就是伊犁的旧译名。当时亦力把里也指其统辖的全部地区。

明代长城及九镇图

上一段提到“都司”一名，它是都指挥使司的简称，原是明代的军事机构，上属于五军都督府，分设于两京外的十三省以及大宁、辽东、万全等处，指挥使司之在京者称留守卫指挥使司。都指挥司驻在地多与承宣布政使司(即省)驻地相同。另外有些省内还设有“行都指挥使司”，作为辅助。都司以下则辖有卫与所等。永乐中定全国都司21，留守司二，内外卫493，千户所359，都司、卫、所本为军事性质的机构，与政区无关。但有些边境地区或少数民族地区，原缺行政机构或机构遭受破坏而不存，则往往由军区管理民事，这样军事机构兼管了土地与人民，拥有实际控制的地域范围和人口，不属所在州县。因而也就转化为政区性质的一种机构，所以在《明史·地理志》中也记载了一些都司卫所等名称。例如在今辽宁境内(时属山东)的沈阳中卫(今沈阳)、铁岭卫(今铁岭)、宁远卫(今兴城)、广宁中后所(今绥中)、抚顺所(今抚顺)，在今宁夏(时属陕西)的宁夏中卫(今中卫)、灵武所(今灵武)，在今青海境内的西宁卫(今西宁市)、归德所(今贵德)等等。都司、卫、所一般都冠以所在地的政区名或地名，如上各例。

明代政区与元不同的除了废除路级外，还取消了州级的附郭县，但府的附郭县则仍保留。附郭县也叫倚郭县，志书中往往在这样的县名下面注上“倚”字或称“附郭”。明代取消了一些附郭县，不仅简化了政区，也节约了开支。例如南京附近的和州、滁州、广德州，以及稍远的徐州，都是与府同级的直隶州，皆无附郭县，至于属于扬州府的泰州、通州以及稍远属于淮安府的海州、邳州等，也都撤消了它们的附郭县如海陵、静海、朐山、下邳等。元代政区等级较多易混，明代政区与军区又往往纠缠不清，所以都比较复杂。