元朝始置管理“回回医药”的机构。至元十年(公元1273年)设广惠司，秩正三品，执掌回回医药事。至元二十九年(公元1292年))，于广惠司外，另设大都、上都回回药物院，秩从五品，执掌回回医药事。至治二年(公元1322年)药物院拨隶广惠司。穆斯林答里麻于大德十一年(公元1307年)任御药院达鲁花赤。

伊斯兰世界的医药学知识很早就传入了中国。五代时李珣编写了六卷本《海药本草》，元朝时札马鲁丁主管回回司天监，家藏《忒毕医经》13部。他还藏有关于炼金术的书籍13部，大概也与药物学有关。明初刻本《回回药方》(一部36卷)，据考证，是元代译就的阿拉伯著名医学家依本·贝塔尔《简救法》的汉译本。此书残卷现存北京图书馆。营养学专著《饮膳正要》也记载了一些回回药物及方剂。元时“回回田地”所产的一种药，能治120多种杂症。元朝的“回回”医生多奇术，已经能作一些外科小手术了，例如切除腐肉、赘疣，等等。