在公元17世纪初，漠北的喀尔喀蒙古(大致分布在今蒙古国境内)分为三部：土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗。康熙二十七年(公元1688年)三部发生内乱，准噶尔王噶尔丹乘机入侵。三部联合抵抗，但领土仍被噶尔丹侵占，只得南迁漠南(今内蒙古)，投入清朝求援。康熙二十九年噶尔丹进扰漠南，康熙帝下令亲征，开始了对噶尔丹的全面反击。清朝对噶尔丹的反击不仅是为了保卫漠南，收复漠北，而且关系到自己的生存。因为当时准噶尔的势力已经非常强大，成为清朝最大的威胁。

准噶尔是瓦剌的一部。瓦剌到清朝被称为卫拉特，亦作额鲁特、厄鲁特，在17世纪初分为杜尔伯特、准噶尔、土尔扈特、和硕特四部，先后并吞了亦力把里、吉利吉思、哈萨克、叶尔羌、土鲁番诸部。其中和硕特部的固始汗一支，自今新疆乌鲁木齐一带迁至今青海和套西(河套以西，今内蒙古蹬口以西地)，于1642年(明崇祯十五年)率军进入西藏，灭了藏巴汗，与五世达赖喇嘛共治西藏。准噶尔部兴起后，强占了和硕特部原有的自今伊犁至乌鲁木齐的牧地，迫使土尔扈特部从塔尔巴哈台附近的雅尔(今哈萨克斯坦塔尔巴哈山以南、阿拉湖以北一带)西迁到额济勒河(今伏尔加河)下游，胁迫杜尔伯特部(原在额尔齐斯河上游)中的辉特部迁往塔尔巴哈台。到17世纪70年代以后，准噶尔部实际上控制了其他三部(土尔扈特部西迁后为辉特部)，占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肃西部、内蒙古西部和北部以及境外西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至蒙古高原的广大范围。

康熙二十九年(公元1690年)，清军在乌兰布通(今内蒙古赤峰市西北)大败噶尔丹。次年，康熙帝到多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。康熙三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。

当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。康熙三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。