在清朝统一蒙古以前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从公元16世纪后期开始喇嘛教已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦汗(公元1507—1582年)占领青海以后，喇嘛教就传到蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉措(锁南坚错)，尊为达赖喇嘛(三世)，又将他迎至归化传教。从此，喇嘛教格鲁派(黄教)就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后四世达赖派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为蒙古活佛。1642年(明崇祯十五年，清崇德七年)，蒙古和硕特部首领固始汗率军进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。1645年(清顺治二年)，固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅(前三世出于追认)，驻后藏扎什伦布寺。至此，在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。

由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年(公元1647年)，清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。顺治九年，达赖到北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。康熙四十八年(公元1709年)，清朝派侍郎赫寿入藏协助拉藏汗管理地方事务。康熙五十二年(公元1713年)，五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。

噶尔丹死后，清朝让策妄阿喇布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿喇布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、和硕特和辉特部等各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年(公元1717年)，准噶尔的策零敦多布率6000军队从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立的达赖。康熙五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。康熙五十九年，清军从青海和四川分两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。

雍正六年(公元1728年)，清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆十六年(公元1751年)，设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在乾隆五十七年击退入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事宜的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大活佛转世时用金瓶掣签(将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定)的办法，并必须受大臣监督，自噶伦(噶厦的最高长官)以下的僧俗官员必须由大臣任免。《藏内善后章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役及对外事宜等都作了明确的规定。