公元222年，刘备在猇亭大败，逃到白帝城后，忧愤成疾一病不起。第二年，刘备召诸葛亮到永安宫安排后事，这就是历史上有名的“永安托孤”。

永安托孤将蜀国政权分为两个阶段，第一个阶段以刘备为领导人，第二个阶段以诸葛亮为核心领导人。诸葛亮赶到永安后，刘备躺在病榻上对他说：“君才十倍曹丕，必能安国，终定大事。若嗣子可辅，辅之；如其不才，君可自取。”就是说，先生您的才能十倍于曹丕，一定可以安邦定国，完成我们的大业。如果我的这个儿子可以辅佐，请您辅佐他；如果他不中用，请您自行其是。诸葛亮当时泪流满面地说：“臣敢竭股肱之力，效忠贞之节，继之以死。”就是说，臣一定会竭尽全力，忠贞不贰地报效陛下，直至献出我的生命。刘备又要求刘禅，要像对待父亲一样对待丞相。

关于永安托孤，历史上向来有不同的看法。陈寿便认为刘备完全信赖诸葛亮，这种境界是古今君臣关系的最高典范。也有人质疑说，刘备的“如其不才，君可自取”这句话并非出自真心，刘备对诸葛亮心怀猜忌，但又不得不托孤于他，于是说出这样的话，把诸葛亮逼到没有回旋的余地，不得不至死效忠。到底是君臣信任的典范，还是厚黑学的先例，这是一个仁者见仁、智者见智的事情，何况“君可自取”到底是指让诸葛亮自代帝位，还是说诸葛亮可以在刘备别的儿子中另选一个作为皇帝，都是一个需要斟酌的悬案。真相依然存在于历史的深处，每个人都可以提出自己的看法。

公元223年四月，刘备去世，诸葛亮扶刘备灵柩回到成都。五月，17岁的刘禅即位，史称刘备为先主，刘禅为后主。刘禅登基后，加封诸葛亮为武乡侯，领益州牧，准许他开府治事。由于蜀汉的地盘基本上以益州为主，所以让诸葛亮领益州牧，就是将全国行政权授予他。所谓开府就是由诸葛亮建立自己的一套办事机构，拥有相对独立的相权。此外，刘禅还说了这样的一句话：“政由葛氏，祭则寡人。”意思是说，所有的军政大权都交由诸葛亮，刘禅只负责祭祀天地和先人。

这样一来，蜀国的所有军国大事都由诸葛亮处理，刘禅只做名义上的国家首脑，蜀汉政权便进入了一个以诸葛亮为首的新的时期，诸葛亮将要继续刘备未走完的路。然而这条路注定山高水长，步步艰辛。夷陵大败不但使蜀汉军事力量大为削弱，而且导致了内部政局的不稳定。

为了稳定政局，发展生产，恢复经济，全力对付曹魏，诸葛亮辅政后的第一件大事就是恢复和东吴的联盟。他于223年派邓芝出使孙吴，经过谈判，孙权断绝了同曹魏的关系，重新与蜀汉结盟。此后，吴蜀双方使臣来往不断。减轻了东顾之忧，诸葛亮得以集中精力整顿内政。

蜀汉政权很特别，它像一杯层次分明的鸡尾酒，由三股力量组成。第一股力量是刘备从荆州带来的人，包括诸葛亮、关羽、张飞等人，是蜀汉的最高阶层，掌握着国家的主要权力；第二股力量是刘璋留下的人，比如李严等，这股力量居于蜀汉政权的中层；第三股力量是益州土生土长的官员和本地豪族，这股力量处于政权的底层。

这三股力量形成的政权结构当然不会安定，尤其下两层是不服气的。刘备兵败病死白帝城，现在由一个丞相来代行君权，各个阶层都各怀心思，眼睁睁地盯着诸葛亮的一举一动。在这种情况下，诸葛亮只有采取依法治国的原则，法律面前，人人平等，只有用公平公正的法律手段解决问题，才能让不同阶层的人心服口服。

所以在内政上，诸葛亮把严明法纪、整顿吏治放在首位。他主持制定了名为《蜀科》的法典和“训励臣子”的八条、七戒、六恐和五惧。在执法的过程中，诸葛亮做到公正公平，不论亲疏，有罪必罚。虽然法律近乎严苛，却不为人嫉恨。

《三国志》作者陈寿的父亲因为犯法，被处以重刑，然而陈寿仍然称赞诸葛亮法纪严明；中都护署府事李严和长水校尉廖立违法乱纪被罢官流放，他们两人听到诸葛亮去世的消息后，仍然为之痛哭流涕。有人说，诸葛亮的法律太严厉，而刘璋善于以恩惠收买人心，让百姓怀念。诸葛亮针锋相对地说，治世当以大德，不以小惠。

在治军方面，诸葛亮同样注重部队的法纪严明，他说：“有制之兵，无能之将，不可以败；无制之兵，有能之将，不可以胜。”据《三国志》记载，诸葛亮“立法施度，整理戎旅，……科教严明，赏罚必信”，使部队“戎阵整齐，赏罚肃而号令明”。在诸葛亮的调教下，蜀军以弱抗强，在崇山峻岭之中来去自如，“进退如风”，高度的机动力使蜀军屡屡掌握战役的主动权。

此外，诸葛亮还精于创作发明新式武器。《三国志》中又写道：诸葛亮总揽军政，“工械技巧，物究其极”。他发明了连弩（能同时发射十支箭的弓箭）、甬袖铠帽（强弩都射不穿的铠甲）、木牛流马（其实木牛是有前辕的小车，流马类似后世的独轮车，不是演义中的永动机）。蜀军的战斗力很强，与各种新式武器的运用是分不开的。

诸葛亮深通兵法，他推演兵法，作了八阵图。由于演义的夸张和后世附会，八阵图蒙上了一层神秘色彩，其实八阵图就是古代作战时用来隐蔽士兵、阻碍敌军的防御工事或军事阵法。由于蜀国多山，军队习惯在山林中作战，一旦北上中原，就很难与魏国的骑兵抗衡。为了提高蜀军的战斗力，诸葛亮将《孙子兵法》中的八阵加以变化，做成了“八阵图”。八阵图纵横各八行，以辎车作为主要掩体，以鼓声和旗帜指挥军队，可以变化许多阵法。蜀国灭亡后，晋武帝还命陈勰“受诸葛亮围阵用兵倚伏之法”。袁准称诸葛亮行军“所至营垒、井灶、圊溷、藩篱、障塞，皆应绳墨，一月之行，去之如始至”。

经过诸葛亮的大力整治，蜀汉出现了“科教严明，赏罚必信，无恶不罚，无善不显，至于吏不容奸，人怀自励，道不拾遗，强不侵弱，风化肃然”的局面。

刘备东征失败后，蜀汉的南部地区发生了巨大的变故。益州郡的土皇帝雍闿杀死太守投靠了东吴，并煽动牂柯太守朱褒、越嶲夷王高定等人反叛了蜀汉。诸葛亮在《隆中对》中曾设想“南抚夷越”，把这里建成刘备集团的统治后方。刘备占领益州后，诸葛亮就选派善于处理民族关系的将军邓芝治理南中，取得了不错的效果。南中遭逢大乱后，由于刘备才亡，后主幼弱，诸葛亮暂时隐忍未发，做好备农植谷、闭关息民、稳定内政等工作。待得吴蜀联盟恢复，内部政局稳定，平息叛乱的时机成熟，诸葛亮就在公元225年，兵分三路，进军南中。

诸葛亮南征时，参军马谡为之送行，并建议诸葛亮：“南中的人依仗地形险恶，早已心怀不满，他们今天被打败，明天还会反叛，将来您一旦北伐强敌，这些人都将是不安分子。如果将他们赶尽杀绝，既不仁慈，又无法在一时半会儿做到。因此，希望您这次出兵能使他们心服口服，这就是‘攻心为上，攻城为下，心战为上，兵战为下’。”

诸葛亮采纳了马谡的意见。部队一到南中，就顺利斩杀了雍闿、高定，但孟获带领余部继续对抗诸葛亮。孟获在南中很有名望，诸葛亮便决定让他从心里归顺自己。他生擒孟获后，就带着他观看自己的军营。孟获看后不以为然，笑着说：“以前不知道你们的虚实，因此兵败被抓，现在看来也不过如此嘛。只要您放我回去，我肯定能报仇。”诸葛亮也笑了，当即释放了孟获。

就这样，孟获接连和蜀军打了七回，回回被诸葛亮活捉。第七次，诸葛亮又准备放了孟获，孟获说：“公，天威也，南人不复反矣。”

从五月渡泸，到七月孟获投降，前后两个月的时间，诸葛亮便顺利地平定了南方。在离开南中的时候，诸葛亮没有留下一兵一卒，而是由当地人治理当地。大家问起原因，诸葛亮解释道：“如果留下我们的人治理，就必须留兵，那么粮草就成了负担，不可；如果留官不留兵，他们必定会忌惮我们的官员，很有可能会作乱，也不可。因此，我不留兵不运粮，双方便可相安无事。”

为了改变南中的落后面貌，诸葛亮派人在这里推广汉族的先进农业生产技术，兴修水利，发展生产，南中后来发展成为蜀汉稳定的后方和财政来源。那里的金、银、丹漆、耕牛、战马以及其他物资，补充了蜀汉政权的财政和军事之需。

诸葛亮在世时，南中地区一直都很稳定。直到现在，南中少数民族依然对诸葛亮感念不已，还去庙里拜祭诸葛亮。

平定南方叛乱后，诸葛亮便整顿军备，练兵习武，等待时机，大举北伐，以图大业。

历史上，与诸葛亮能力相当的人不在少数。然而唯有诸葛亮能够高居于历史神圣的巅峰，成为超凡入圣的典范，接受人们的千古膜拜，其原因就在于诸葛亮是中国传统理想人格的真正化身，他将匡世济民的理想贯彻始终。

当初和诸葛亮怀抱同样理想的人，在黑暗动荡的历史潮流中纷纷舍弃初衷。首倡起义的曹操成了“乱臣贼子”。孙权忽而与蜀汉联盟，忽而与曹魏亲善，为保一己利益早已不惜大义。以仁义著称的刘备，不是得意忘形大建豪宅，就是意气行事破坏大计。唯有诸葛亮始终坚守着安邦定国、匡世济民的理想，从隆中的三分对，到坚持吴蜀联盟，再到后来安定蜀国，屡屡北伐，他始终知难而进，步步为营，不弃不舍地向自己的理想努力，从来不曾放弃。