到了黄昏，藏人左少弁兼光奉旨在殿上召开临时公卿会议。从前，保安四年四月神舆入京时，命天台座主移之于赤山社内保护。又保延四年七月神舆入京时，令祇园别当安置在祇园社中。此次则决议援用保延旧例，指定由祇园别当大僧都澄宪，在秉烛时刻，将神舆收集到祇园社内，且指定神官拔去射在神舆上的箭支。山门僧众簇拥日吉社神舆，冲到宫门的事件，自永久以来至今治承年间，已发生过六次。虽然每次都为武士所制止，但箭射神舆的事却是首次，前所未闻。人们互相警告道：“古人说，神灵震怒，则灾害必生。可怕可怕。”

四月十四日夜半，听说山门僧众又将大举入京，皇上匆匆坐着腰舆，暗中行幸法皇御所法住寺殿。中宫则乘车出门他去。小松殿大臣重盛身穿直衣，肩背箭筒，随侍左右。其嫡子权亮少将维盛则正装束带，背负平胡箓，也扈从在侧。京中上自关白，下至太政大臣以下诸公卿殿上人，莫不争先恐后，追而随之。全城上下都骚动起来。山门方面，一谈到神舆中箭，神官杂役或死或伤之事，便群情激愤。三千同心，决议将大宫、二宫、讲堂、中堂等所有殿堂坊舍，付之一炬，夷为平地；然后远走山野，匿身修行。此时，听说法皇将考虑接受徒众的申诉，山门的高层僧官正要上山转达圣旨，却在西坂本被愤怒的徒众赶下山去了。

平大纳言时忠卿，时为左卫门督，担任上卿，登上比睿山安抚。三塔的徒众聚集在大讲堂的庭院中，商议道：“先打掉此人乌纱帽！然后捆绑起来，沉到湖底去。”正要开始动手来抓时，时忠卿开口道：“请少安毋躁。有话想让各位知晓。”便从怀里取出小砚与诗笺，一口气写了几句话，交给僧众。打开一看，只见他写着：“徒众发动暴乱，乃魔障所作祟；天子加以制止，因善逝之加护。”众僧看了，觉得言之有理，引起同感。别说再捉弄对方，人人都陆续下山，各回僧坊去了。时忠卿仅凭片言只语，便平息了三塔三千徒众的愤怒，于公于私，均免受辱。其才智谋略，的确令人刮目相看。而世人对山门僧众，原以为只会群集作乱，没想到也很讲道理，为之感佩不已。

同月二十日，又召开会议，以花山院权中纳言忠亲卿为首席，议决国司加贺守师高革职，流放尾张国井户田，目代近藤判官师经则被判入狱。此外，于十三日向神舆射箭的武士六人，亦以入狱定谳。他们是：左卫门尉藤原正纯、右卫门尉藤原正季、左卫门尉大江家兼、右卫门尉大江家国、左兵卫尉清原康家、右兵卫尉清原康友，都是小松殿重盛的下属。

同年四月二十八日，亥刻时分，从樋口富小路冒出火来。当时正刮着猛烈的东南风，转瞬间京城多处被烧毁。团团火焰滚动如车轮，倏忽跳过三条街、五条街，斜向西北延烧过去。恐怖之状，难以言宣。诸如具平亲王的千种殿，或北野天神的红梅殿、橘逸势的蝇松殿、鬼殿、高松殿、鸭居殿、东三条、冬嗣大臣的闲院殿、昭宣公的堀河殿等，古今名胜三十余所、公卿官邸十六处，眼看一一化为灰烬。其他，还有殿上人、诸大夫之家，不胜枚举。火势终于延及大内里，自朱雀门起，沿着应天门、会昌门、大极殿、丰乐院，直至诸司、八省、朝所，顿时变成一片火海。诸家所藏日记、历代文书、七珍万宝，烧毁殆尽。损失之大，难以估计。烧死者数百人，牛马之类不计其数。岂非山王之惩罚乎？甚至有人梦见有两三千只大猕猴，自比睿山上成群冲了下来，手中各持火把，烧毁了整个京城。

大极殿于清和天皇贞观十八年，初次不幸遭受火灾。同十九年正月三日，阳成天皇的登基大典，不得不改在丰乐院举行。元庆元年四月九日，重新兴建；同二年十月八日落成。后冷泉天皇天喜五年二月二十六日，再逢祝融之祸。治历四年八月十四日，又举行破土典礼，但因后冷泉天皇崩殂而中止。至后三条天皇延久四年四月十五日，终告完成。文人献诗，伶官奏乐，恭迎天皇迁幸。当今佛法末世，国力衰微，终于不再重建了。