治承元年五月五日，撤销了天台座主明云大僧正参列朝廷法会的资格，且遣藏人为朝使，取回了如意轮观音本尊，解除了他宫中护持僧的职务。旋又派了检非违使厅的官员，传讯此次煽惑僧众、抬出神舆、骚扰宫禁的幕后祸首。原来座主在加贺国有其名下的地产，国守师高横加没收，因而积怨成仇，才鼓动僧众前来控诉。此一事件已使皇室伤透脑筋，西光法师父子却又如此这般搬弄是非，后白河法皇更加震怒。于是有传言道：“必定会处以重罪。”

明云发觉法皇面有不豫之色，便奉还了座主的印钥，上表辞去了座主的职位。同月十一日，鸟羽上皇七皇子觉快法亲王继任天台座主。他是青莲院大僧正行玄的弟子。同月十二日，正式解除前座主之职，并派检非违使二人往其居处，加盖井口，浇熄炉火，严格执行断水断火的处置。如此一来，又有谣言说，僧众即将大举下山闹事，使京城再度陷入一片混乱之中。

同月十八日，太政大臣以下公卿十三人应召进宫，列席议事堂中，评议前座主的罪状与处置。八条中纳言藤原长方卿，时为左大弁宰相，虽忝陪末座，却坦然陈述道：“根据明法家勘状，应判死罪减一等为远流。然而前座主明云大僧正，显密兼修，净行持律。曾授大乘妙经与皇上，又授菩萨净戒与法皇，是经师亦是戒师。万一科以重罪，不知冥间佛祖将如何看待。还俗远流之事，能免则免，应该审慎再议为是。”

对于长方的直言，座上公卿莫不表示赞同。然而法皇的怒火未熄，最后还是以远流定谳。太政入道清盛公也进宫来，有意关说，但法皇却推托感冒，不予召见，只好无奈而退。处罚罪僧，按例要收其度牒，使其还俗。明云大僧正从此有了俗名，称大纳言大辅藤井松枝。

提起明云这个人，他是村上天皇七皇子具平亲王的六代苗裔，久我大纳言显通卿之子。诚可谓并世无双之硕德、天下第一之高僧，且兼天王寺、六胜寺别当，君臣同仰。但阴阳头安倍泰亲却责难道：“天下无双之智者，居然自称明云，实在令人费解。上有日月并排之光，其下有云遮之。”

仁安元年二月二十日，明云晋升天台座主。三月十五日，行拜堂之礼。开启中堂的宝藏，在诸多贵重宝物之中，有一个一尺见方的箱子，裹以白布。这位一生不犯的座主开箱一看，中有黄纸文字一卷，是传教大师所记未来历代座主的名单。依照惯例，新任座主在开卷后，看到自己的名字出现，便不得继续往后看去，必须把卷子重新卷好，放回箱子里。这位明云僧正应该也不例外。如此值得尊敬的人，却难逃前世宿业，实在可叹可悯。

五月二十一日，裁定流放伊豆国。虽然人们多方调解，却因西光法师父子的谗谤，究竟无法打破僵局。就在当日，上面下令非将僧正逐出京城不可。押解的官员于是来到白河僧坊。僧正只得含泪离开，移居粟田口一切经谷的别院。

山门僧众认为他们最大的仇敌，莫大于西光法师父子，便将他们两人的名字写在纸上，给踩在根本中堂所供十二神将中金毗罗大将的左脚底下，而且大声诅咒道：“十二神将、七千夜叉：请勿犹疑，别再等了，径去取掉西光父子之命。”听来令人毛骨悚然。

同月二十三日，明云离开一切经谷别院，动身前往配所。曾经总管佛法寺务的前大僧正，如此尊贵的人物，却被押解的差役押着，限于今日离开京城。当他越过逢坂关进入关东时，其心中之悲凉落寞可想而知。行抵大津打出滨，比睿山文殊楼的高轩仍然清晰可见，但僧正不忍再看，只以衣袖遮脸，不禁潸然泪下。在山门诸多宿老硕德中，当时还是僧都的澄宪法印，依依难舍，一直送到粟津；既不能永远陪伴下去，便要告别返回。僧正有感于他的隆情厚谊，即将年来秘藏心中的一心三观血脉相承传授予他。这是自释尊授予波罗奈国马鸣比丘、南天竺龙树菩萨后，次第相传下来的密法。而今竟也成为情谊的见证。虽然我国是粟散边地，又值浊世末代，但澄宪却有幸受此教义，在返京的路上，泪湿法衣绞不干之余，心中肯定充满着感激敬畏之情吧。

同时在山门方面，僧众又聚在一起，纷纷议论道：“自从义真和尚就任初代天台座主以来，直到现在，已历五十五代，从未听说座主遭到流刑之案例。仔细回顾一下，桓武天皇于延历年间，迁都平安京；传教大师登上此山，弘扬四明教义之后，五障女人绝其踪迹，三千僧侣得以安居。峰上一乘诵声，终年不断；山麓七社灵验，与日俱新。彼月氏之灵山，位于王城之东北，是大圣之幽窟也。我日域之睿岳，耸立帝都之鬼门，护国之圣地也。历代贤王智臣莫不在此设坛礼佛。尽管当今是佛法末世，岂可如此诋毁伤害本山。可悲可恨。”于是，满山徒众同仇敌忾，成群结队，下了山，奔向东坂本而去。