如果国王愿意接受其新位置，也即我们所谓的立宪君主；而且，如果不是因为宗教问题，英格兰已经达到的宪政平衡或许已为现代英国体制的更加快速、和平的发展奠定了基础。但遗憾的是，查理不愿意这样做，而宗教问题也已抬头。

议会解散了规模很小的英格兰军队，而苏格兰人也退回他们国内，但国王查理却别有用心地去了爱丁堡。很多人认为，国王试图集结一支苏格兰军队来对付英格兰。不过，如果这真是国王的目的，那他显然没有成功：他后来只身一人回到英格兰。与此同时，爱尔兰发生骚乱。爱尔兰的天主教贵族许诺如果查理同意他们接管爱尔兰政府，他们就向他提供一支爱尔兰军队。因谈判被推延而焦躁不安的爱尔兰人试图占领都柏林，同时还屠杀了好几千个英格兰和苏格兰移民。为了维持在爱尔兰的统治和秩序，英格兰需要派遣一支军队到爱尔兰。但谁来领军，议会还是国王？如果是后者，那么他真正想对付的可能就不是爱尔兰人，而是英格兰议会。

与此同时，宗教问题也将议会分为两派。两派都反对劳德提出的变革，但是一派认为拯救之道是废除主教制度，另一派则害怕这样会导致长老制。所谓的《废除主教制议案》主张废除大主教，但未能在下议院通过。这些在宪政问题上团结一心的议员们，在宗教问题上意见分歧很大。比如，汉普顿和皮姆就与海德和福克兰形成对立。

1641年11月，细数国王过失的《大抗议书》引起了议员的激烈争论，大家意见分歧明显。这个议案要求国王只能聘请那些对议会负责的大臣，宗教事务只能由议会委派的机构来处理。海德和福克兰领导的那派认为，由议会来控制教会将会导致长老制替代《公祷书》和英格兰教会。让军队听命于议会而非国王也让他们犹豫不决。允许两套教会制度同时存在的思想观念及其实际政治可能性，还要在很久的未来才出现。由于之前同在一条战线上反对国王的人分裂成两派，而通过获得诚心诚意献身于英格兰教会的那批人的支持，国王本可以轻而易举地和平获胜。但查理却想着通过武力夺回权力，这注定了他永远不可能成功。

大主教也同样犯了错误。伦敦的民众在街上辱骂大主教，而当一个大主教被人群推搡的时候，他和其他十一个大主教提出抗议：没有他们在场的话，上议院的所有决议都是非法的。这就惹怒了贵族们，使得后者暂时站到正在对这十二个大主教提出控诉的下议院阵营。而这又有助于团结那些反对国王的人。

查理随后对那些反对他的议会领袖提出控诉，包括下议院的皮姆、汉普顿、霍尔斯、斯特罗德、黑兹里格，以及上议院的金博尔顿。

1642年1月4日，他亲自带着五百名武装随从闯入议会以叛国罪的罪名逮捕上述五人。但这些人早已逃走。行动失败的国王不得不离开议会，此时四面八方响起震耳欲聋的叫喊声，议员们高声大呼“议员权”。伦敦宣布支持下议院，国王被迫离开伦敦向北逃去，并在约克住了下来。现在，国王和议会都在召集军队。

8月22日，国王查理在诺丁汉祭旗，内战由此开始。

这既不是19世纪的美国那样的地区冲突，也不是18世纪的法国的社会冲突，而是关于宗教和宪法原则的冲突。它完全不同于爱尔兰的血腥大屠杀，也不同于欧洲大陆那恐怖的三十年战争，它是一场仁慈的战争。总体来说，国王势力主要集中在西部和北部，这里有贵族、天主教徒和拥有地产的旧绅士阶层；而议会在南部和东部城镇里力量占优势，他们的主要力量来自商人阶层和清教徒。起初双方都没有军队，但国王有一个能干的指挥官，即他那年轻的侄子鲁珀特亲王。而议会后来则争取到了海军的支持，还有伦敦城及其财富与财务资源。

起初，双方都要依靠个人财力来供养步兵团，但战争的决定性力量还是骑兵。在战争之初——事实上是在奥利弗·克伦威尔拉起并训练其铁甲军之前，鲁珀特亲王的骑兵可谓所向披靡。在埃奇希尔战役（The Battle of Edgehill）这场首战中，他的骑兵就起到了决定性作用。但当查理在没有鲁珀特的协助下向伦敦推进的时候，国王的军队在特南格林被英格兰的民兵队击败。国王查理也退回牛津。

1643年，保王派计划从三个方向再次对伦敦发动战略性袭击，但他们的部队太分散了，以致虽然取得了一些小胜，但整个计划还是归于失败。这部分是因为士兵没有能够定期领到军饷，他们也没想过要长期作战，还因担心后方受到攻击而不想远离他们的家庭和财产。8月，国王亲自率军围攻格洛斯特，但格洛斯特得到了伦敦的支援。在发动第一次纽伯里战役（First Battle of Newbrry）后，国王就因为缺乏弹药而被迫撤退。

议会党人成功地守住了北方的赫尔港口和西部的布里斯托尔，这对这次内战起到了举足轻重的作用。他们还通过形成东部联盟，逐渐在五个东部郡县里建立起强大的防御体系。克伦威尔就是东部联盟的领袖。克伦威尔丝毫不关心其士兵属于什么社会阶层，也不关心他们属于哪个教派，但要求他们的精神、品质和意愿都要顺从于铁的纪律。在晚夏，他们在盖恩斯伯勒和温斯比取得了首次胜利。但显然，他们无法在短期内取得决定性胜利，这个国家注定要陷入持久内战了。

内战双方都试图通过谈判来获得外部帮助。查理想得到爱尔兰的帮助。爱尔兰的天主教徒提出如果查理能够接受爱尔兰议会主要由天主教徒组成的话，他们就为他提供一万人的军队。但这个谈判进展缓慢。皮姆则幸运多了，他很快就得到了苏格兰的支持。他与苏格兰人签订了《神圣同盟和公约》。根据这个盟约，英格兰议会的议员及其支持者要宣誓“依照最好的教会改革例子来进行英格兰教会的改革”。所谓最好的例子，在苏格兰人看来就是长老会。这句话中还加了这句：“这是遵从上帝的旨意。”这句话很难挑出毛病来，但每个人又都可以有不同的理解。不过，苏格兰人还是同意了。在收到英格兰议会的拨款之后——而查理则非常缺钱——一支苏格兰军队在经验丰富的杰出将领大卫·莱斯利的率领下，于1644年1月越过特威德河进入了英格兰。

不幸的是，宗教问题再次在后方造成分裂。尽管神圣的威斯敏斯特会议已经决定大体上接受长老制，但一大部分普通教徒却对此深恶痛绝。会议中有个小群体渴望建立这样一套制度：每个教派都不受总部的干涉和监督，他们因而被称为“独立派”。这个观点很对克伦威尔和亨利·范恩（Henry Vane）的胃口：克伦威尔对宗教事务一向比较宽容，而范恩则在此类制度盛行的马萨诸塞生活过一段时间。

另一件不幸的事情是，议会里最好的政治家皮姆去世了。因为皮姆的去世以及英格兰与苏格兰的军事联合行动，这两个国家成立了一个由英格兰议会议员和苏格兰的议会理事组成的委员会。

尽管大敌当前，而且议会党人还存在分裂的风险，不过在议会党资助下的1644年的战斗中，他们还是在马斯顿沼泽取得了对保王党人的辉煌胜利。而这次胜利在很大程度上要归功于克伦威尔的将才及其新军。另一方面，埃塞克斯的失策及其在康沃尔的失败、曼彻斯特伯爵的粗心大意，最终让国王在第二次纽伯里战役中逃走了。而这也导致了议会里的争吵，进而挑起长老会派与独立派之间的纷争。前者想要结束战争，而后者希望继续战斗直至获得最后的胜利。

克伦威尔反对长老会的将军曼彻斯特伯爵。显然，如果前线将领对战争的结果甚至是继续作战的愿望都达不成一致意见的话，是根本不可能取胜的。支持克伦威尔的议会决定对统军将领进行大换血。依照著名的克己条例，每个军官都要写一份辞职信。议会最后推选托马斯·费尔法克斯（Thomas Fairfax）为总司令，克伦威尔为其副职，统领骑兵。这个决定实际上就是支持独立派，反对长老会——最起码在战争期间是如此。

从军事角度而言，这两个人是最好的选择。除此之外，许多不合格的士兵、不称职的低级军官都被一心只想着赢得胜利的硬汉们所取代。此外，议会还创建了新模范军。这支军队的主要特点就是，他们军饷很高且定期发放，而且发放者是议会而不是地方政府或地方组织。议会终于有了一支自己的军队，他们不仅表现优异而且不再受地域限制。此外，这支军队纪律严明，严令禁止抢掠。另一方面，保王党的军队，疾病连连且经常领不到军饷，战斗力和士气都不断衰败。领不到军饷的他们就到处抢掠，民众也就越来越不喜欢他们，甚至害怕他们。

新模范军的计划是找到国王并击败其主力军——不管他们在什么地方。两军最终在纳西比遭遇。主要得益于克伦威尔的骑兵，议会党人获得了决定性的胜利：国王的军队基本上被完全消灭，不过查理自己逃脱了。接下来就是一系列针对国王的搜捕和围困。

国王最终于1645年5月投奔了苏格兰人。同年6月，牛津伯爵投降，史上所称的第一次内战也宣告结束。

苏格兰人希望查理能够同意在英格兰建立长老制，但查理拒绝了；于是苏格兰人基本上把查理当囚犯看待。查理还就议会坚持的条款故意拖长谈判时间，不过当苏格兰人最终感到查理没什么用处的时候，他们在英格兰议会同意支付军队的军饷后将查理交给了议会理事，而后者则将国王囚禁于北安普顿郡的霍姆比庄园之中。