第二天是4月23日，耶稣受难周的星期六，公证人吉利昂先生来了以后，列奥纳多把自己的遗愿告诉了他：四百佛罗伦作为遗产留给几个弟弟——以此表示跟他们结束诉讼而完全和解——这笔钱可暂时由佛罗伦萨市新圣玛丽亚教堂的财务总管代为保存；把书籍、科学仪器、机器、手稿以及尚未从国王财政部领到的剩余部分俸禄留给弗兰切斯科·梅利齐；把杜克卢城堡里一切家什以及坐落在米兰韦切利城门外的葡萄园一半留给仆人巴蒂斯塔·维拉尼斯，该葡萄园的另一半留给学生安得雷亚·萨拉伊诺。

至于安葬仪式等事宜，他请公证人按梅利齐的意见办理，因为他已经指定梅利齐为遗嘱执行人。

弗兰切斯科和吉利昂先生一起决定这样来安排殡葬事宜，以便表明列奥纳多跟种种谣传恰好相反，至死都是天主教忠诚的儿子。

病人对这样的安排表示赞同，希望弗兰切斯科要设法使出殡安葬仪式隆重，因此举行安魂弥撒时不是像所设想的那样点燃八磅蜡烛，而是点燃九磅蜡烛，布施给乞丐的钱不是五十个土伦苏，而是七十个。

遗嘱准备好以后，只需要见证人签字了，可是列奥纳多想起了自己的老女仆，厨娘玛杜琳娜。吉利昂先生不得不增加一个条款，让她得到一件上好呢绒面料的黑衣服、一顶呢面毛皮帽子和两个杜卡特金币——算是对她多年来忠心耿耿的侍奉的褒奖。死者对可怜的女仆的关注，让弗兰切斯科深为感动，让他再一次体验到所熟悉的怜悯之心。

胡利埃莫修士走进来，所有的人全都回避。

修士从病人的房间里出来以后，告诉弗兰切斯科，列奥纳多怀着虔诚和对上帝的一片忠心履行了教会的一切仪式，使他彻底放下心来。

“不管人们怎样谈论他，我的孩子，”胡利埃莫修士最后说，“他证明自己没有辜负上帝的神谕：‘心地纯洁的人是有福的，因为他们必定能见到神’。”

夜间，病人呼吸困难起来。梅利齐担心他死在自己的怀里。

拂晓前——这天是4月24日，基督复活的星期天——病情有所好转。可是仍然喘息得很厉害，房间里闷热，弗兰切斯科打开窗户。白色的鸽子在蓝天上飞翔，复活节的钟声在空中回荡。可是濒死者已经什么都看不见了，什么都听不见了。

他觉得仿佛有一块巨石落下来压到他的身上，越来越沉；他想要坐起来，把石头推开，可是办不到——使出最后的力量，他突然解脱了，扇动着两只巨大的翅膀，飞升起来；可是又有石头落下来，越聚越多，压迫着他；他再次进行挣扎，又取得了胜利，飞翔起来——如此反复，无尽无休。一次压力比一次大，他用的力量也越来越大。最后，他终于感到已经无力挣扎了，最后绝望地大叫一声：我的神！我的神！你为什么抛弃了我？——于是他屈服了。刚刚屈服——他立刻明白了，石头和翅膀，重压和飞升，向上和向下——原来是一回事：反正不是飞起来就是跌落下去。他飞起来，跌下去，已经不知道这是无限运动在轻轻地波动，还是母亲抱着他摇晃哄他睡觉。

周围的人一连好几天都觉得他的身体好像是活人一样；可是他没有复苏过来。终于在5月2日早晨，弗兰切斯科和胡利埃莫修士发现他的呼吸在减弱。修士念起了倒头经。

过了一会儿，学生摸摸老师的心脏，感到已经不跳动了。他给他合上了眼睛。

死者的脸没有发生很大变化，表情还像生前常有的那样——安详而又精神集中。

门窗都大敞四开——弗兰切斯科带着巴蒂斯塔·维拉尼斯和年老的女仆玛杜琳娜在洗遗体。

这时，近几天来被人遗忘了的驯化的小燕子在楼下画室里感到了自由，经过楼梯和楼上的各个房间，飞进了安放死者的那个房间。在他的上面盘旋了几圈之后，也许是按照习惯，落到列奥纳多两只交叉在胸前的手上。周围燃着安魂的蜡烛，在清晨的阳光下，烛光显得很暗淡。小燕子停了一会儿之后，突然飞起来，在室内又盘旋几圈，然后从开着的窗户向天上飞去，发出欢快的叫声。弗兰切斯科觉得老师最后一次做了他所喜欢的事——把带翅膀的俘虏放归自由的天地了。

根据死者的遗愿，他的遗体停放了三天，但不是在太平间里——弗兰切斯科不愿意这样——而是在他咽气的那个房间里。

出殡仪式严格遵照遗嘱中的规定举行：教堂神父、诵经师、主教和副主教、修士护送棺椁；六十个乞丐拿着六十根蜡烛；安布瓦斯四座教堂做了三次大型弥撒和三十次小型弥撒，而且点了十磅重的粗蜡烛；七十个土伦苏施舍给市立圣拉撒路医院里的穷人。最虔诚的人们根据这些特征能够确信，在安葬天主教会的一个忠诚的儿子。

他被安葬在圣弗洛伦腾修道院里。可是坟墓很快就被遗忘，跟地面一样平了，安布瓦斯对他的记忆消失得无影无踪了，列奥纳多所安息的地方，是后人所不知的。

弗兰切斯科把老师死亡的消息往佛罗伦萨写信报告给了他的弟兄：

“他对我来说比父亲还重要，我无法表达他的死给我带来的痛苦。我只要活在世上一天，便永远悲痛地悼念他，因为他对我的爱是博大而又温柔的。我想，每一个人都因失去了这位伟大人物而悲痛，大自然再也不能造就另一个这样的人物了。——如今，愿上帝保佑他永远安息吧。”